En un principio era ante todo taberna, y pasó a ser casa de comidas cuando la tomaron a su cargo los padres de Juan María, Juan Ramón y Francisca Arratibel. El padre murió en 1951, cuando Juan María Arzak tenía sólo 9 años; su madre continuó llevando el restaurante y se especializó en banquetes para bautizos, comuniones y bodas, y logró gran fama por la calidad de su cocina, típicamente vasca.

Al fallecer el padre de Juan Mari, su madre le mandó a estudiar al colegio Alfonso XII de San Lorenzo de El Escorial, al tiempo que ella se mataba a trabajar al frente del caserón. Terminó el bachiller y encarriló su vida por los estudios de aparejador, pero, después de un año, decidió acceder a la Escuela Superior de Gastronomía de Madrid. Su corazón le decía que tenía que continuar con la saga Arzak al frente del restaurante que fundó su abuelo en 1897.

Antes de meterse de lleno en la cocina del restaurante [Arzak], el joven vasco se tomó su tiempo para recorrer el mundo y conocer los sabores de otros países y los fogones de las cocinas del Sandersens parisino, del suizo Girarder y de otros más, hasta que llegó a conocer al gran Paul Bocuse, quien más le enseñó, junto con su madre, a entender esta profesión. Pero le mostró una cara distinta de esta profesión: la cocina arte.

Tras este periplo, se hace cargo del negocio en 1966 en el que sigue su madre Paquita. En realidad la madre presta a su hijo un pequeño comedor para realizar sus experimentos al que se añade una parrilla (donde se hacen las carnes a la brasa) y así cohabitan armónicamente durante años las dos cocinas.

Precisamente en esta época cuando su hijo Juan Mari empezó a incursionar en la gastronomía contemporánea le preguntaron a su madre qué opinaba. Y ella respondió: de forma clara "mientras esté rico, me da igual"

En 1967, se incorpora al restaurante su actual esposa, Maite Espina: juntos han ido introduciendo novedades en la cocina y haciendo de Arzak lo que es hoy día. Su cocina es una sabia combinación de tradición y modernidad.

A partir de mediados de los años 70 comienza a recibir premios y reconocimientos, que convierten al Restaurante Arzak en un referente de la gastronomía nacional e internacional. En 1989 le otorgan la tercera estrella de la Guía Michelin.

Juan Mari tiene dos hijas, Marta y Elena Arzak quien ya está plenamente integrada en el trabajo del restaurante. Es la cuarta generación de la familia dedicada a la hostelería y la gastronomía.

El restaurante dedica un gran esfuerzo a la investigación culinaria. Juan Mari y Elena Arzak dirigen un equipo con el que intentan descifrar nuevos secretos para aportarlos a su gastronomía. Este equipo es responsable de que el Restaurante Arzak se haya convertido en un referente para los más refinados gourmets.

El laboratorio intenta encontrar un punto de equilibrio entre vanguardia y tradición. Dispone de las más modernas instalaciones, así como de un Banco de Sabores con más de 1.000 productos e ingredientes con los que investigar e innovar.

Algunos premios y reconocimientos que ha conseguido Juan Mari Arzak son:

1974 Premio Nacional de Gastronomía como mejor cocinero.

1983 Mejor cocinero de España por la Revista Club de Gourmets.

1984 Mejor restaurante de España por la Revista Club de Gourmets.

1985 Premio Mejor Restaurante.

1989 Tercera estrella de la Guía Michelin.

1989 Entrada en la cadena Tradition & Qualité.

Gran Premio del Arte de la Cocina como mejor cocinero de Europa por la Academia Europea de Gastronomía.

Caballero de la Orden de las Artes y las Letras de Francia.

1995 Premio Mejor Restaurante.

2008 Vasco Universal.

2008 Premio Especial de la Gastronomía Austriaca, concedido por la revista A la carte.

2008 Premio al Restaurante como miembro destacado del “Circulo de Restaurantes Centenarios FEHR”.

2009 Premio a las Artes “El Delantal de Oro” como uno de los cocineros más importantes de la actualidad.

2010 Premio Nacional de Gastronomía tradicional Lola Torres.