A los 17 años, Pépin se traslada a París. Rápidamente comenzó a trabajar en algunos de los mejores restaurantes de la época, entrenándose con Lucien Diat en la Plaza Athénée, y luego pasó a Maxim's y Fouquet's. En 1956, trabajó como chef de la Armada francesa. Un amigo de Pépin, que trabajaba para el secretario de Hacienda de Francia, lo llevó a un puesto de chef personal a tres jefes de estado, incluido Charles de Gaulle, de 1956 a 1958.

En 1959, Pépin llegó a los Estados Unidos. Planeaba quedarse solo unos años, pero el destino lo llevaría por un camino diferente. Se enamoró de Nueva York, conoció a James Beard y Julia Child, y consiguió un trabajo en Le Pavillon, uno de los mejores restaurantes franceses de su época. Después de unos años, Pépin fue contratado por Howard Johnson, un cliente habitual, para ayudar a desarrollar la línea de alimentos para la cadena de restaurantes de Johnson. Pépin pasó casi 10 años como director de investigación y nuevos desarrollos para la cadena, mientras que simultáneamente obtuvo su título de bachiller en artes y luego su maestría en literatura francesa en la Universidad de Columbia.

Pépin dejó Howard Johnson's para abrir un restaurante de sopas, La Potagerie, en 1970, que cerró en 1975. A mediados de la década de 1970, estuvo a cargo de las operaciones de alimentos para el recién inaugurado World Trade Center.

En 1988, se convirtió en Decano de Programas Especiales en el French Culinary Institute, que cambió su nombre a International Culinary Center en 2006. Además de planificar e implementar eventos y programas especiales en la escuela, continúa brindando demostraciones de cocina y estudiantes. consultas

En 1993, Pépin y Julia Child grabaron un especial culinario de televisión para PBS, Cooking in Concert , en el Performance Center de la Universidad de Boston. Ellos colaboraron en otro especial unos años más tarde, lo que llevó a una serie de 22 episodios, Julia y Jacques Cooking at Home . El programa ganó el premio de la Fundación James Beard al mejor programa de cocina nacional en 2001, así como el Premio Daytime Emmy ese mismo año.

Cooking at Home no fue la primera serie de televisión de Pépin. En 1997, presentó las Técnicas de cocina de Jacques Pépin , y dos series en 1998 con su hija, Claudine: Cocina de Jacques Pépin: Cocinando con Claudine y Cocina de Jacques Pépin: Encore con Claudine . Sus otros programas de televisión incluyen Jacques Pépin: Fast Food My Way , Jacques Pépin: More Fast Food My Way y The Complete Pépin . Actualmente es el anfitrión de Essential Pépin , su 13ª serie de televisión, así como su programa más reciente, Jacques Pépin Heart & Soul , que se emitió en septiembre de 2015.

Pépin tenía una columna de larga duración en The New York Times , y ahora escribe una columna trimestral para la revista Food & Wine . Ha escrito más de 20 libros de cocina, muchos de ellos compañeros de sus programas de televisión públicos, y su memoria, El aprendiz: mi vida en la cocina , se publicó en 2003. Pépin también apareció como juez invitado en la serie Bravo Top Chef .

Ha sido galardonado con el más alto honor del gobierno francés y tiene el título de "Caballero de la Orden Nacional de la Legión de Honor".